Bei der verschlüsselten Kommunikation werden Textnachrichten, Sprachnachrichten, Bilder, Dateien, VoIP (Voice over IP) und alles was sonst noch so versendet wird mit speziellen Verfahren derartig verfremdet, dass ein Mitlesen dieser Daten sinnlos ist, da Inhalt, Aussehen und Sinn der Nachricht nicht ermittelt werden können. Erst im Ziel werden die Daten wieder entschlüsselt und so lesbar.
Messenger mit verschlüsselter Kommunikation unterscheiden sich einerseits durch die zur Verschlüsselung eingesetzten Verfahren, teilweise aber auch dahingehend, dass nicht alle Datentypen verschlüsselt werden können. z.B. können einige Messenger die bei Telefonaten (VoIP) anfallenden Audio-Streams nicht verschlüsseln. Andere verschlüsseln gesendete Dateien nicht.
Bei einem asymmetrischen Verschlüsselungsverfahren, Oberbegriff für Public-Key-Verschlüsselungsverfahren, die am häufigsten eingesetzte Form, verschlüsselt der Sender seine Nachrichten mit seinem privaten Schlüssel. Der Empfänger kann die Nachricht mit dem dazu passenden öffentlichen Schlüssel entschlüsseln. Dazu tauschen Sender und Empfänger vorher die Schlüssel aus.